Главным героем Watch Dogs 2 выступает чёрнокожий парень по имени Маркус, являющийся талантливым хакером. Совместными усилиями с хакерской группой DedSec он намерен противостоять коррумпированной системе - корпорациям, государственным и частным силам безопасности, преступным группировкам и даже конкурирующим хакерам - и уничтожить ctOS 2.0.