Главным героем Minecraft: Story Mode на протяжении всего сезона будет чувак по имени Джесси, роль которого исполнил актер Пэттон Освальт. Джесси и его друзья отправляются в святилище легендарного Ордена Камня; четырех авантюристов, в свое время уничтоживших Дракона Эндер. Но прибыв на место Джесси и его друзья обнаруживают, что творится... нечто ужасное. Апокалипсис начинается и друзьям предстоит оправится в путешествие, чтобы отыскать членов Ордена Камня и возродить свой мир из пепла.